近年来，随着市场经济的发展，中央政府机构中的部门利益问题日益突出。在决策或履行职能过程中，有些部门过多从本部门利益出发，过于强调、维护与谋取本部门利益，影响了决策的战略性、全局性和前瞻性，损害了社会公正与大众利益，增添了国家经济及政治风险。

　　带来的隐性危害

　　1.降低行政效率，助长行政腐败。长期以来，我国行政的突出特点是，决策与执行不分，机构设置偏多，职权交叉重叠。在具体行政过程中，凡是能巩固、谋取部门利益的，则积极“作为”；凡是与部门利益相抵触、难以谋取部门利益的，则消极“不作为”。这使得一些能维护、增进国家利益的重大决策（如《反垄断法》、燃油税、内外企统一税率、数字电视标准等）迟迟未形成共识而难以出台，而一些对国家利益有消极影响的重大决策（教育产业化、医疗市场化、行业垄断、外企“超国民待遇”以及很大一部分出口退税等）迟迟难以取消或调整。行政执法重事前审批、轻事后监督管理，这也是矿难频发的重要原因。

　　部门利益膨胀不仅降低行政效率，而且助长行政腐败。部门职权与资源配置结合的一个重要体现就是审批（特许与垄断经营权等）。由于缺乏必要的监督，审批必然引起“寻租”盛行，导致行政腐败。如国家某“委”本应是一个主管中长期规划的超脱部门，但实际上，既承担宏观调控，又负责项目审批，权力过度集中。实践证明，部门利益必然使之忽略宏观趋势把握，重视具体项目审批；借宏观调控之名，强化行政审批。这不仅造成宏观调控手段的错位（以行政手段代替经济手段），而且引发与其他中央政府部门职责冲突，并和相关地区、行业利益紧密连在一起，成为中央政府部门之间、中央政府与地方政府之间的矛盾焦点。

　　2.增加经济运行成本。部门利益膨胀使得机构臃肿，人浮于事，“隐形超编”（从外部“借调”）普遍，导致国家财政收入开支50%以上用于“养人”（发达国家一般在20%左右）。某教育机构年招收学员约1200人，而在册工作人员1400多人，农民工1500多人,退休员工800多人,教职员与学员的比例约为3：1，效率明显低下。部门利益膨胀使得行政收费难以清理取消，损害了市场机制作用的充分发挥。

　　3.增大国家经济风险。长期以来，先部门利益后国家利益，重部门利益轻国家利益，以部门利益取代国家利益，甚至为部门利益而不惜牺牲、损害国家利益等行为，影响社会经济的健康发展，增大国家的经济风险。部门利益的一个重要外在体现，就是机构超编、预算超支，由此造成财政开支压力不断增大，使得政府本应承担的义务教育、公共卫生、社会保障等公益事业得不到有效实施。正是由于部门利益作祟，外企长期享受“超国民待遇”未能适时调整，这不仅不利于中资企业与民营经济的发展，而且加重我经济对外依赖。更不利的后果，是制约我有关产业的长远发展。

　　4.增大国家政治风险。人民政府职能部门如果不代表人民利益，而是代表集团或个人利益，损害大众利益，必然损害政府的公信力与权威，损害党与政府在人民中的形象。一些部门决策往往反映的是强势集团的利益，社会大众尤其是困难群体的利益被严重忽视。因为部门利益，政府袒护地产开发商，被拆迁户利益得不到保障，“抗法”与“上访”不断；火车票每年到点调价，而且总在普遍反对声中“听证成功”，引发大众不满；工商、质检等肆意收费，导致创业艰、就业难等。部门利益使一些改革片面追求经济效益、严重偏离社会公正方向，威胁社会稳定与和谐。